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ImageJ学习必备教程，底部还有系列文章哦~
ImageJ（官网：https://imagej.nih.gov/ij/）是一个基于java的公共的图像处理软件，它是由National Institutes of Health（NIH）开发的一款功能强大的免费软件，在生物及医学图像分析中起着非常重要的作用。
下图是ImageJ官网的界面，在Download下根据自己系统选择对应的软件下载，ImageJ可以适用于Mac OS X，Linux以及Windows系统（不受电脑系统限制）。ImageJ功能强大，今天给大家分享一些科研中的实用小技巧。
1
拉直Western Blot偏斜条带
Western Blot（WB）是目前全球生命科学实验室中使用最广泛的蛋白质分析技术之一。WB条带常见问题之一是带型异常：
当出现弯曲的条带时应如何使用ImageJ进行调整呢？
下图是一个典型的带型偏斜的条带：
步骤：
1. ImageJ软件打开上述图片，选择下图红框所示Segmented line沿着倾斜条带画间断线段：
2. 鼠标双击Segmented line，设置线段的宽度至包含所有条带：
3. 点击菜单栏Edit，Selection，Straighten，倾斜的WB条带即可拉直：
该功能的其他示例，如将弯曲的尼罗河拉直：
2
荧光图片使用技巧
如何拆分与Merge多通道荧光图片：
File->Open->分别打开Red，Green， Blue三个通道的图片：
Image -> Color -> Merge Channels可以Merge荧光图片。
图片与像素值互换：
图片由许多像素点（Pixel）组成，每个像素点对应有不同的像素值（Pixel values），如下图所示：
方法为：
ImageJ打开图片：
Image菜单下，Transform，Image toresults，得到了对应每个像素点的像素值：
同样在Image菜单下，Transform，Results toimage可以把像素值的表格转换为图片。
荧光核浆比分析：
步骤：
ImageJ打开分析图片：
Image -> Color -> Split Channels拆分RGB通道
得到RGB三通道（此时R、G、B通道均为8-bit图片）：
也可以使用Image-> Color -> Merge Channels将已拆分通道合并：
图中两个细胞有连接，以左边入核明显细胞为例。首先使用
不规则选框将左边细胞框选中：
Analyze->Tools->ROI manager（感兴趣区管理器），点击Add：
选择需要测量的参数：在ImageJ软件Analyze下选择Set Measurements设置测量参数，选择Integrated density，Area，Limit to threshold（Image -> Adjust -> Threshold 调节阈值，红色代表选中，选择Limitto threshold只计算红色选择的面积），点击OK。
Image -> Adjust -> Threshold 调节阈值，选择所有阳性信号（红色代表选中）：
Analyze，Measure，得到结果：
黄色ROI中的红色的灰度值总和为177096，黄色中的红色占黄色面积的51%。
如果不加黄色ROI，进行同等条件的测量：
得到的结果不仅仅只有左边这个细胞，其灰度值总和为254633，大于177096，红色占整张图片的面积百分比为14.9%，远远小于51%。
此时我们已经得到单个细胞总的荧光强度（灰度值）A=177096。接下来需要计算核内的荧光强度B，用总的荧光强度A-B得到胞浆荧光强度C。
对细胞核图片同样进行Image -> Adjust-> Threshold 调节阈值，选择所有阳性信号：
Analyze-> Analyze particles分析粒子得到的结果添加到ROI：
ROI-3是我们需要分析的细胞核，在上述已经阈值选定的绿色荧光通道中点击ROI-3可在图中显示细胞核轮廓，Analyze，Measure（快捷键Ctrl+M），得到核内的荧光强度B：
核浆比=B/(A-B)=98684/(177096-98684)=1.26。
荧光图片加伪彩：
加伪彩是对灰度图片而言。Lookup tables（LUT）根据像素点不同的像素值显示为不同的颜色，即为伪彩，如下图所示：
打开灰度图片或者将RGB通道图片拆分为对应通道的灰度图片，在Image菜单下选择Lookup tables（Fire）：
有多种LUT可供选择，在Image，Color下点击ShowLUT：
在Analyze下点击Tools，选择Calibration Bar，即可给伪彩图片添加Bar（显示不同颜色所对应的灰度值）：
调整荧光显示效果：
打开两通道层扫共聚焦荧光图片如下：
目前看起来效果并不好如何进行调整？
步骤：
1. Image -> Color -> Split Channels拆分RGB通道：
2. Process，Enhance Contrat，选择Normalize与Process all 9 slices：
得到如下效果：
3. Image，Stacks，Z projection，选择Max Intensity：
得到可以显示不同层面的最大强大的荧光图片，效果如下：
4. Merge荧光图片
Image，Stacks，3D projection：
得到沿着Y轴旋转的动图：
Save as，Gif，保存为动图展示：
今天给大家分享ImaegJ实用技巧就先到此为止了希望对大家有所帮助！
—END—
ImageJ系列
ImageJ分析细胞间距离
ImageJ分析时间序列图像
ImageJ分析免疫组化图片（附ImageJ的多种实用技巧）
手把手教会荧光共定位分析
老司机带你解锁ImageJ的各种技术姿势
ImageJ小胶质细胞形态学分析
10步填上免疫组织化学 (IHC) 的坑
从Science论文学习血管分析方法
ImageJ分析运动细胞
ImageJ分析细胞线粒体网络形态
Imagej分析脑缺血体积百分比
使用Clock Scan工具分析荧光图片
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